新疆石河子市中医医院始建于1986年12月，2000年10月经政府批准改制为民办非企业单位，是由自治区卫生厅批准、民政厅注册登记的“二级综合性中医院”，是兵团首批医疗保险定点医院，是集中医医疗、预防、教学、科研、康复为一体的综合医疗单位。先后被自治区民政厅授予“自治区民办非企业先进单位”、“创先争优先进单位”、“规范化建设自治区级4A单位”。被国家民政部先后授予“全国民办非企业先进单位”、“全国先进社会组织”。经国家中医药管理局批准评选为“全国民营中医院”。多年被师市及街道办事处授予“诚信单位”及“先进基层党组织”。
医院现有职工180余人，其中卫技人员占90％以上，副高以上职称12人，中级职称20余人，建立了中医老专家为核心，由自治区、垦区知名专家和来自北京、江西、陕西、青海、长春、成都等地的八大院校中医本科毕业生组成的医生队伍，在医务人员结构上形成了老、中、青、三结合的完善体系。新疆名老中医石河子市中医医院名誉院长刘纪元副主任医师的继承人，其子刘珀主任医师继承发展了秘方，研制的“肾泰脾康”浸膏片，具有补肾健脾、颐养阴精、抗疲劳、增强免疫力等特殊功效，该药获国家专利，被列为开发项目，作为院内制剂受到了广大患者的好评。
医院现拥有门诊部、住院部、医技办公楼和康复楼，门诊部科室设置齐全，除开设了具有传统中医特色的中医内科、针灸科、推拿科、肛肠科、风湿科、泌尿科、软伤疼痛科、妇科、心血管病科、咳喘病科等多个专科外，还配备了现代化彩超扫描仪、计算机X线摄影系统（CR）、CT、骨密度、大生化分析仪、心电监护仪、24小时动态心电图等设配30多种。
医院坚持突出中医特色，党团组织和领导班子健全。从建院开始就把作为医院生存的关键；把医疗质量作为取得的关键；把医德医风作为医疗质量的关键；把科学管理作为良好医德医风的关键；把以人为本作为科学管理的关键。医院坚持在“振兴中医，发展事业，防病治病，患者至上，科学兴院，走向世界”的宗旨指导下，抓好五个关键，以病人为中心，一切为了病人。自2013年以来每日住院病人逐渐增加。石河子垦区人民已经信任这家百姓医院。社会以多种方式关心、支持、完善这座正在发展中的戈壁明珠上的中医院。