（一）办公室。
负责委机关日常运转工作，承担安全、保密、信访、政务公开、外事等工作，协调办理人大代表建议和政协委员提案工作。
（二）政工人事处（机关党委、系统工会）。
负责机关和所属单位干部人才队伍建设、机构编制、干部监督、教育培训、劳动工资等工作。会同有关部门拟订全区卫生健康专业技术人员专业技术职务资格标准，组织实施全区卫生健康专业技术人员专业技术职务资格业务考试、评审和卫生健康管理干部培训等工作。负责机关离退休人员工作，指导所属单位离退体人员工作。负责机关和所属单位党群工作，承担系统工会工作。
（三）规划发展与信息化处。
承担健康西藏建设协调推进工作，组织拟订全区卫生健康事业发展中长期规划，统筹协调全区卫生健康资源配置，指导全区卫生健康服务体系及信息化建设。组织开展爱国卫生运动和卫生健康统计调查工作。
（四）财务审计处。
承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计工作，拟订实施卫生健康经济政策、管理规范和标准以及财务管理规章，提出医疗服务价格政策的建议。负责大型医用装备配置。
（五）政策法规与体制改革处。
组织起草卫生健康、藏医药地方性法规和政府规章草案，以及全区卫生健康政策和标准，组织开展重大政策问题研究，起草卫生健康全局性、综合性文件。负责卫生健康系统法制建设和宣传教育，承担规范性文件审核，承办行政复议、行政应诉、行政调解、法律咨询等工作，组织推进行政审批制度改革及职能转变相关工作。承担深化医药卫生体制改革具体工作，研究提出深化医药卫生体制改革政策措施的建议，承担组织推进公立医院综合改革工作。
（六）疾病预防控制与职业健康处。
拟订全区重大疾病防治规划、免疫规划、严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病预防控制体系，实施疾病监测、慢性病防控等预警预测，协调有关方面对重大疾病、公共卫生实施防控和干预，承担传染病疫情信息发布工作，依法管理传染病防治和精神卫生工作。拟订全区职业卫生、放射卫生政策和标准并组织实施，开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作，协调开展职业病防治工作。
（七）医政医管处（药物政策与基本药物制度处）。
拟订全区医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、医疗废物处置、采供血机构管理以及行风建设等想相关政策、规范和标准并监督实施。拟订全区公立医院运行监管、绩效评价和考核制度，指导全区医疗机构评审评价，指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等工作。承担推进全区护理、康复事业发展工作。组织实施国家药物政策和基本药物制度，组织拟订自治区基本药物增补目录，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警，提出药品价格政策的建议，以及国家基本药物目录和自治区基本药物增补目录内药品区内生产鼓励扶持政策的建议。
（八）基层卫生处。
拟订农牧区卫生和社区卫生事业发展政策、标准和规范并组织实施，指导农牧区和社区卫生健康服务体系建设，以及乡村医生执业注册与相关管理工作。会同有关方面拟订农牧区和社区公共卫生、基本医疗、卫生健康人才队伍建设政策措施并组织实施。承担健康扶贫工作。
（九）卫生应急办公室（自治区突发公共卫生事件应急指挥中心）。
承担全区卫生健康领域安全生产监督管理和应急处置工作，承担全区卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制专项预案和卫生应急物资储备目录计划，承担预案演练的组织实施和指导监督工作。指导卫生应急体系和能力建设。发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（十）科技教育与人才处。
拟订全区卫生健康科技发展和人才队伍建设政策措施并组织实施。指导实施全区卫生健康科研项目，承担实验室生物安全监督工作。承担推进全区全科医生队伍建设工作，组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作，协同指导医学院校教育。
（十一）综合监督处（食品安全标准与监测处）。
承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为，督办重大医疗卫生违法案件。组织开展环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。完善全区综合监督体系，指导规范执法行为。组织拟订食品安全地方标准，开展食品安全风险监测，参与拟订食品安全检验机构资质认定条件和检验规范，承担涉及饮用水安全产品审批、消毒产品生产企业许可和食品安全企业标准备案工作。
（十二）妇幼健康处。
拟订全区妇幼卫生健康政策、标准和规范并组织实施，推进全区妇幼健康服务体系建设。组织开展妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展等工作，负责人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。
（十三）人口监测与家庭发展处（老龄健康处）。
承担全区人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，完善生育政策和计划生育特殊家庭扶助制度并组织实施。组织拟订并协调落实全区应对老龄化的政策措施，组织拟订医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。承担自治区老龄工作委员会的具体工作。
（十四）宣传处。
组织开展全区卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及、新闻和信息发布工作。负责全区健康先进典型宣传工作。承担自治区计划生育协会的具体工作。
（十五）卫生健康对口支援办公室。
统筹全区卫生健康对口支援工作，研究提出卫生健康对口支援政策措施的建议。承担医疗人才“组团式”援藏和全区卫生健康对口帮扶工作，负责卫生健康援藏医疗人才的联系和服务工作。
（十六）干部保健局。
负责自治区保健对象的医疗工作，以及自治区重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作。
（十七）自治区藏医药管理局。
拟订全区藏医药事业发展规划，以及藏医药人员和藏医医疗机构、医疗技术应用、医疗质量安全、医疗服务等管理规范和技术标准并组织实施。承担藏医医疗、预防、保健、康复、药事的监督管理和权限内藏医医疗机构设置审批工作。指导藏医药理论、医术、药物的发掘、整理、总结和提高，以及藏医药科研条件和能力建设。组织实施藏医药人才培养。组织开展藏药资源普查，促进藏药资源的保护、开发和合理利用。负责藏医药文化建设，监督协调医疗和研究机构的藏中西医结合工作，推动藏医药交流合作。承担全区中医药管理工作。