南京市妇幼保健院创建于1936年，前身为国立中央高级助产职业学校附设产院，现为南京医科大学附属妇产医院、国家级爱婴医院、省内首家三级甲等妇幼保健院，集保健、医疗、教学、科研为一体，始终坚持“以保健为中心、以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的妇幼卫生工作方针，常年为南京及周边地区妇女儿童提供多层次、全方位健康保健和疾病预防诊疗服务，是中国医院协会妇产医院管理分会会员单位、中国妇幼保健协会常务理事单位、江苏省医院协会妇幼保健院分会主委单位。
医院坐落于市中心，占地面积2.02万平方米，总建筑面积10.63万平方米，建筑面积7.5万平方米的妇幼保健中心大楼已于2011年1月投入使用。医院编制床位1000张，实际开放947张，现有职工总数2087人，其中高级职称564人，硕士及以上学历701人，博导14人，硕导83人。
医院学科体系完善，产科、产前诊断研究室、新生儿科、妇科、麻醉科、中医科为省级临床重点专科，儿童保健科、妇女保健科、乳腺科、检验科、超声诊断科、病理科、放射科、护理为市级临床重点专科，妇女保健科、儿童保健科、生殖医学、计划生育为第三周期省妇幼保健重点学科；妇产科学获江苏省“十四五”临床重点学科称号，实现医院历史上的新突破。妇科、儿童保健科、护理部获批市健委“基层特色科室孵化中心”。南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心、南京市妇幼保健计划生育服务中心均设于院内。医院先后获批国家级儿童早期发展示范基地、国家孕产期保健特色专科、国家新生儿保健特色专科、国家更年期保健特色专科、国家孕前保健特色专科、国家级博士后科研工作站等。医院综合实力稳居全国妇幼健康领域“第一方阵”，连续两年荣获全国妇幼绩效考核最高评级A++；连续四年荣获全国公立医院绩效考核最优等A级，在最新公布的2021年国考成绩中排名第6位。
医院坚持科技兴院，重视科研发展。2022年，立项各类课题53项，其中国家重点研发计划子项目课题1项、国家自然科学基金项目12项；获批成果奖8项、各类专利44项、软件著作权5项；发表学术论文593篇，其中SCI论文145篇（IF≥5有76篇）。
医院倡导以人为本的服务理念，建立人性化服务体系。开创产科门诊一医一护一诊室、产科病区母婴床旁护理新模式，省内首开二胎咨询门诊，增设产科专病、特色门诊，成立高级专家会诊中心；加强病员服务中心建设，拓宽预约挂号渠道，优化分时段就诊，打造微信支付平台，升级微导诊服务，加大建设复诊患者绿色通道；成立国内第二家、华东地区首家纯公益性质的母乳库，推进住院早产儿或疾病患儿母乳喂养，提高母乳喂养率；推进“智慧医院”建设，正式通过国家电子病历系统功能应用水平分级评价五级评审；完成与江苏省妇幼健康信息系统对接，实现产检、分娩、儿保、计划生育、产筛和新筛等信息互通共享；完成市医保病案数据上传、省医保门诊系统互联互通、省医保APP上线、市医用耗材阳光监管平台对接上报、市卫生信息数量平台对接等工作。
作为具有部分公共卫生性质的妇幼保健院，医院在政府职能履行方面承担了南京地区全部包括省部属和军队各级接产医院在内的新生儿疾病筛查、助产人员技术培训及孕产妇保健系统管理、儿童保健系统管理、孕产妇死亡、围产儿死亡、出生缺陷和妇女病普查情况的统计、分析、上报工作；担负全市近200家妇幼保健三级网络机构的业务指导和管理工作；辅助各级政府妇幼保健政策的决策与制定。2022年，成立南京市托育综合服务中心，协同推进婴幼儿照护服务专业化、规范化发展。在妇幼卫生服务方面，医院在出生缺陷预防干预、产前诊断、产科和妇科疾病诊疗、乳腺病诊治、妇科腔镜技术、妇女儿童健康促进等方面独具特色，优势突出，医疗保健服务辐射全省乃至外省市。
医院秉承“厚德、爱生、精进、释悦”之院训，以全生命周期健康管理服务为主线，护佑妇女儿童健康为己任，高水平全面建成国内一流、特色鲜明的创新型、研究型、智慧型、舒适化妇幼保健院。