上海市肿瘤研究所（以下简称“肿瘤所”）成立于1958年，1980年被确认为世界卫生组织癌症预防与控制合作中心，1985年被批准建立癌基因与相关基因国家重点实验室，1996年与上海市科委共建基因治疗研究中试上海基地，2003年与上海交通大学共建上海交通大学肿瘤研究所，2010年与仁济医院院所合一，2019年隶属关系由上海市卫生健康委员会划转至上海市教育委员会。癌基因与相关基因国家重点实验室2023年通过科技部重组，更名为肿瘤系统医学全国重点实验室。
肿瘤所拥有三个园区，实验场地面积共26820平方米，其中徐汇园区（斜土路2200弄25号）7820平方米，浦东园区（东方路1630号科研楼）16000平方米，闵行园区（上海交大文选楼）3000平方米。设有17个PI研究团队和9个青年PI研究团队；同时设有科研公共服务平台、《肿瘤》杂志编辑部等科研辅助部门。截止2022年底，共有在编职工165人，其中科技人员141人，有中国工程院院士1人、终身教授1人、长江学者1人。具有高级专业技术职称者37人，博士学历103人，研究生导师32人（博导21人、硕导11人），招生专业为肿瘤学、生物化学与分子生物学、病原生物学等。肿瘤所多次荣获国家和上海市各级人才计划，包括国家杰出青年、国家优秀青年、国家新世纪百千万人才工程、国家万人计划青年拔尖人才、教育部新世纪人才计划、上海市领军人才、上海市优秀学科带头人、上海市曙光学者和上海市东方学者等。
“十三五”期间，肿瘤所发展十分迅速，通过持续完善科研创新机制，自主创新能力明显增强，科研成效持续显现，先后产出了一批有影响的重要科研成果。