基础医学院的前身是九江学院医学院。九江学院于2008年6月成立医学部，原医学院更名为基础医学院，系九江学院下属的二级学院。基础医学院位于江西省九江市中心，坐落在风景秀丽的甘棠湖畔。
基础医学院的历史可追朔到石美玉女士于1901年创办的九江但福德医院附设护士学校，百年办学历史，造就2万余名医、药、护、技、管等各类专业人才。
基础医学院现有：
二个一级学科。包括：基础医学、预防医学；其中基础医学学科为校级“十二五”重点建设学科，预防医学学科为需要大力发展的学科，分别分布在浔东校区和庐峰校区。
五个行政、业务科室。分别是：办公室、教学科研管理科、学生科、团委、医学实验中心和医学科研中心。其中：医学实验中心包括基础医学实验中心（江西省基础医学实验教学示范中心）、医学科研中心由“江西省系统生物医学重点实验室”和“江西省高校系统生物学临床应用重点实验室”组成。
八个教研室。分别是：人体解剖学、组织胚胎学、病原生物学与免疫学、生理学与病理生理学、病理解剖学、生物化学与分子生物化学、药理学等六个基础医学二级学科教研室；一个预防医学学科综合教研室：社会医学与公共卫生学教研室。其中：人体解剖学与组织胚胎学学科为江西省高校“十一五”重点学科；病理解剖学学科为校“十一五”重点学科。
三个服务社会研究所（站、室）：法医病理研究所（卫生厅指定，服务九江和景德镇地区）、九江市红十字会捐献遗体接收站、鄱阳湖生态经济研究中心血吸虫病防治研究室等。这些研究所分别隶属于病理解剖学、人体解剖学、病原生物学与免疫学等教研室。
八个本、专科专业。分别是：临床医学、临床医学全科医学方向（农村订单定向免费）、医学检验技术、口腔医学等四个本科专业；临床医学、临床医学（全科医学方向）、医学检验技术、口腔医学等四个专科专业。其中：学生培养前半阶段由本院管理，后期转入临床医学院。
2013～2014学年全日制在校生1035人。其中本科生649人，专科生386人。另外，本院承担180余外国留学生部分专业课程教学工作。2006年起，与南昌大学联合招收培养了26名硕士研究生，目前已有16人毕业。
教职工89人。专、兼职教师83人。其中，教授11人，副教授23人，讲师24人，助教9人，高级实验师6人，实验师6人，助理实验师4人。副高以上教师占教师总数的41％；教师队伍中：具有博士学位13人，硕士学位33人，硕士及以上学位教师占教师总数55.4％，南昌大学医学院兼职硕士生导师10人，江西省教学名师1人，江西省高校中青年骨干教师7人；
省级、校级质量工程项目。江西省精品课程：生物化学；江西省精品资源共享课：病理解剖学、生物化学；江西省教学团队：人体解剖学教学团队；江西省双语教学示范课程：系统解剖学；校科技创新团队：系统生物医学科研创新团队；校教学团队：基础医学、人体机能学、人体解剖与组织胚胎学；校精品课程：人体解剖学、生物化学、病理解剖学、生理学；校双语教学示范课程：系统解剖学、病理解剖学、病理生理学、生理学。
教学、科研项目与成果。2010-2014年获批国家自然科学基金项目21项，项目数约占全校总数的30％。获教育部“十一·五”规划和人文社科课题2项，国家科技支撑计划子项目1项；近五年累计获得省科技厅课题15项，市厅级课题50余项，在ei、sci等权威期刊发表论文11篇，cscd论文38篇，北大核心期刊100余篇；获江西省科研成果奖3项，发明专利5项；主编、副主编教材42本。“城乡社区适用型卫生人才培养的改革与实践”获江西省教学改革成果一等奖。
对外交流与合作。近10年来，基础医学院先后派出60余人分赴美国、加拿大、澳大利亚、泰国等国家和港澳台等地区考察进修访问和参加国际学术会议。目前，与美国耶鲁大学医学院基因研究中心等机构建立了合作研究关系，近五年10人次赴美国耶鲁大学医学院基因研究中心访问研修。基础医学院是美国中华医学基金会（cmb）援助学校的重要组成部分和社区定向医学教育国际网络组织成员。
正在重点实施：教育部及江西省卓越医生培养计划试点项目：农村订单定向免费本科医学教育人才培养模式改革，******教学成果奖申报，联合申硕。
基础医学院将以科学发展观为指导，在九江学院党委、行政的领导下，继续弘扬“严谨、敬业、求实、创新”的教风和“团结、友爱、勤奋、守纪”的学风，发扬“艰苦创业、开拓进取、爱校如家、敬业奉献”的九医精神，以全新的精神面貌和饱满的工作热情，为创办具有鲜明特色、面向社区、服务地方的综合性大学基础医学院而努力奋斗。
